Thực hiện các Công điện chỉ đạo của Chính phủ, Bộ GTVT, UBND tỉnh Quảng Ngãi và Cục HHVN về việc chủ động phòng chống cơn bão Haiyan, ngay trong ngày 08/11/2013, Cảng vụ Hàng hải Quảng Ngãi đã triển khai ngay công tác PCLB. Cảng vụ đã thống kê số lượng tàu thuyền đang neo đậu tại các vùng nước cảng biển thuộc phạm vi quản lý; các phương tiện thi công tại các dự án; các phương tiện hoạt động trên tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo Sa Kỳ - Lý Sơn; thông báo cho các chủ cảng tại vùng nước cảng biển Dung Quất, Sa Kỳ, cho thuyền trưởng, đại lý hàng hải các tàu đang neo đậu tại khu vực cảng biển Dung Quất, Sa Kỳ; các chủ phương tiện thi công công trình, biết tình hình cơn bão Haiyan để triển khai công tác PCLB và chủ động di chuyển đến vị trí an toàn; phát lệnh Shifting các tàu thuyền còn đang cập trong các cầu cảng Xuất sản phẩm (Jetty), phao SPM và các tàu hàng tại các cầu cảng PTSC, Gemadept, Doosan rời khỏi cầu cảng di chuyển để tránh bão trước 17h00 ngày 08/11/2013. Đồng thời phát hành Công văn yêu cầu 09 phương tiện thi công nước ngoài đang neo đậu tại vùng nước cảng biển Dung Quất, phải thực hiện ngay phương án di chuyển đến nơi an toàn để trú bão. Đến 20h00 ngày 08/11/2013, Cảng vụ cấp phép rời cảng cho 06 tàu rời cảng; điều động 04 tàu di chuyển về phía nam để trú bão và một số tàu, phương tiện thi công đã di chuyển đến nơi an toàn để tránh, trú bão; tiến hành, triển khai kiểm tra, gia cố các hệ thống của nhà điều hành tại đơn vị để phòng tránh bão an toàn; kiểm tra hiện trường các cảng biển thuộc phạm vi quản lý: yêu cầu các đơn vị chủ cảng phải bố trí người trực 24/24, tăng cường gia cố các hệ thống cẩu, băng tải,... Đặc biệt Cảng vụ yêu cầu các tàu lai dắt trong khu vực cảng sẵn sàng hỗ trợ, cứu hộ khi có tình huống khẩn cấp cần ứng cứu. Cảng vụ bố trí Trực ban 24/24 tại các đầu Trực ban Dung Quất, Sa Kỳ, Lý Sơn; và thường xuyên theo dõi sát tình hình diễn biến cơn Bão HAIYAN, chủ động cảnh báo cho các tàu thuyền biết. BCH PCLB và Đội xung kích phòng chống lụt, bão có mặt 100% tại đơn vị để triển khai phòng chống lụt, bão. Trên tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo Sa Kỳ - Lý Sơn: Kể từ 2h00 ngày 08/11/2013 không giải quyết tàu thuyền ra vào trên tuyến; yêu cầu các tàu về nơi an toàn để tránh, trú bão; điều động 09 tàu di chuyển về khu vực vùng nước cảng biển Sa Kỳ để trú bão; 09 phương tiện vào vào vũng neo đậu Lý Sơn neo an toàn để tránh bão.
Ngày 09/11/2013, Lãnh đạo Cảng vụ Hàng hải Quảng Ngãi đã phối hợp với chính quyền UBND xã Bình Thuận, huyện Bình Sơn, tỉnh Quảng Ngãi, tổ chức di dời cho khoảng 1.200 dân ở thôn Vức I, xã Bình Thuận, huyện Bình Sơn, tỉnh Quảng Ngãi có nhà tạm bợ đến trú ẩn tránh cơn bão số 14 tại trụ sở làm việc của Cảng vụ Hàng hải Quảng Ngãi.
Lê Văn Lương